În filiala O-5681 a Lobotomy Corporation, o Abnormitate numită "Hookah Caterpillar" evadează din izolare în departamentul de Disciplină, acesta fiind astfel nevoit să împrumute angajați din alte departamente pentru a putea rezolva această situație. Parker, unul dintre agenții cu experiență din companie, le arată împrejurimile unor alți angajați când, deodată, dă peste o Abnormitate ce încearcă să evadeze și încearcă să o oprească pe cont propriu, fără echipament E.G.O., dar este capturat de aceasta, urmând să fie ucis. Din fericire, Abnormitatea este învinsă și încarcerată de capitanul departamentului de Disciplină și personajul principal al poveștii, Catt, care este de asemenea singurul angajat care a reușit să supraviețuiască evadării lui "Hookah Caterpillar". Aceasta dezvăluie faptul că Abnormitate pe lângă care au trecut se numește "Dingle Dangle" și că aceasta induce halucinații tuturor angajațiilor cu nivele de Cumpătare de la 3 în sus.

Pe parcurs sunt introduse încă două personaje ce i se alătură lui Catt drept personaje principale, povestea rămânând însă în continuare focalizată pe Catt. Aceste personaje sunt: Rose, copil al unei familii de Pene de rang înalt, care realizează că Aripile nu sunt paradisul idilic drept care se dau, după ce, într-o zi, privește înspre Mahalele de pe acoperișul unei clădiri și observă un copil căutând prin gunoaie, mâncând niște mâncare expirată dintr-o conservă; aceasta este determinată să dizolve sitemul curent al Aripilor și să creeze o Aripă care va accepta toți oamenii în mod egal; și Taii care fusese psihologul echipei de Antrenament, ajutând restul angajaților să nu își piardă mințile de-a dreptul, însă, după ce este forțată să-și ucidă un pacient, în auto-apărare, în timpul supresiei unei Abnormități, aceasta este transferată în departamentul de Disciplină unde, după mai multe experiențe neplăcute cu Abnormitățile, realizează că acestea nu sunt nimic altceva decât manifestări fizice ale unor sentimente și emoții puternice, motiv pentru care nu poți să raționalizezi și să te împrietenești cu acestea.

De asemenea, este introdus conceptul de "Aberații". Aberațiile sunt niște Abnormități ce se trag din alte Abnormități deja existente, fiind bazate pe același concept general, având însă particularitățile lor unice; fiind, deobicei, mai slabe decât Abnormitatea originală.

Povestea începe cu adevărat odată cu introducerea unei perechi de Abnormități bazate pe Vrăjitorul din Oz, numite "Scaredy Cat" și "The Road Home". Acestea evadează iar "The Road Home", sau Dorothy, creează o casă într-un punct întâmplător al facilității, iar aceasta și "Scaredy Cat" care preia forma unei manticore la evadare, trebuie oprite înainte de a putea ajunge la această casă. Catt reușește să le încolțească în timp ce acestea se teleportează prin facilitate, dar Rose și Taii intră în camera respectivă în același timp. Cele două reușesc să o învingă pe "Scaredy Cat", dar Catt, care în mod normal ar fi putut anihila o Abnormitate de asemenea rang, este destabilizată psihic după de Dorothy îi rostește niște lucruri ciudate, ceea ce o face să piardă lupta. Taii vine în ajutorul lui Catt și îi creează o șansă de a atacă Abnormitatea, reușind în final să o invingă, lucru care face ca "Scaredy Cat" să își reia forma de pisică. După acestă întâmplare, Abnormitățile respective sunt plasate în izolare din nou, Dorothy gândindu-se la Catt, afirmând că aceasta este "Prietenul ce pleacă spre Țara Minunilor".

Între timp, Catt gestionează Abnormitatea ce a cauzat întregul dezastru, "Hookah Caterpillar", dezvăluind celorlalți membri ai departamentului faptul că această Abnormitate poate fi hrănită, acțiune care necesită ca un angajat să își înfrunte niște traume, lucru ce produce foarte multă energie, însă care în timp va face ca Abnormitatea să producă o neurotoxină ce se va răspândii prin întreaga facilitate, sau poate fi flămânzită. Aceasta remarcă faptul că în momentul respectiv Abnormitatea este flămânzită, dar că, la un moment dat, compania va cere ca aceasta să fie hrănită din cauza lăcomiei acesteia, motiv pentru care aceștia ar trebuii să se pregătească psihic. După ceva vreme, Catt joacă feste asupra lui Rose și lui Taii prin a le distruge fostul echipament E.G.O. și înlocuindu-l cu cel obținut de la "Hookah Caterpillar". Rose suferă ca rezultat al muncii continue cu această Abnormitate, fiind obligată să-și confrunte trecutul de copil răsfățat, reușind însă să obțină rezultate de muncă satisfăcătoare, pe când Taii reușește să obțină doar rezultate proaste, ceea ce face ca Abnormitatea să evadeze într-o zi când Rose lucrează cu aceasta. Lucrurile degenerează rapid, departamentul este umplut cu neurotoxine, majoritatea angajaților pierzându-și astfel viața, membrii departamentului de Disciplină reușind să supraviețuiască datorită rezistenței oferite de către echipamentul E.G.O. pe care îl poartă. Rose aproape că își pierde viața, dar este salvată, alături de Taii, de către Catt care le împinge într-o încăpere care urma să fie sigilată. În final, capul departamentului, Shasha, apelează la ajutorul "Iepurilor", o echipă de războinici clonați, deținuți de Corporația R, pentru a rezolva situația.

Urmează un flashback, unde observăm evoluția lui Catt de la prima ei zi în companie, până la ziua în care și-a abandonat inima, devenind persoana cinică care este acum. Secvența prezintă cum la început Catt era o persoană timidă și sensibilă, care nu se adapta prea bine locului ei de muncă, însă aceasta găsește un model într-o altă angajată, care o ajută să-și depășească fricile și să treacă peste stresul cauzat de muncă. Într-o zi, Catt o găsește pe acea angajată cum lovește fără milă un alt angajat, în final acceptând că așa decurge viața în departamentul de Disciplină. Catt este pusă să lucreze cu o Abnormitate foarte slabă numită "Bottle of Tears", orice tip de lucru dă rezultate bune de muncă cu această Abnormitate, cât timp angajatul nu consumă tortul care ține rol de capac pentru sticluță. Catt are o decădere nervoasă și începe să își exprime toate suferințele și gândurile Abnormității, spunându-i despre cum îi este frică să vadă oamenii de care îi pasă înnebunind, rănindu-se atât pe ei însuși, cât și pe cei din jur, un exemplu fiind Shasha, care și-a pierdut un ochi, lucru care dovedește că nimeni nu este în siguranță. Aceasta povestește despre cum s-a mutat în căminul companiei deoarece nu mai putea să privească oamenii de pe stradă, iar apoi privește spre camera din încăpere și se roagă Directorului Filialei, ca unei zeități, să îi dea o inimă puternică precum cea a inspirației sale pentru a putea trece peste toate greutățile. Însă după ce aceasta își vede inspirația fiind ucisă după ce a înnebunit, ucigând orice angajat îi venise în cale, Catt are o altă decădere, considerând că a găsit scopul facilității, singurul mod prin care cineva poate supraviețuii fiind să abandoneze rațiunea și să protejeze sinele. Ultima scenă o prezintă pe Catt intrând prin efracție în celula lui "Bottle of Tears" și consumând tortul, lucru ce duce la inundarea celulei, Catt fiind vizibilă atât în interiorul celulei, în mijlocul apei, cât și în exteriorul celulei, ținând în mână arma E.G.O. a Abnormității.

După acestă secvență urmează introducerea unei noi Abnormități, cunoscută drept "Servitorul Furiei", care este de asemenea una din Fetele Magice, grup prezent incomplet în joc (chiar aceasta fiind exclusă din cauza lipsei de timp), aceasta nealăturându-se celorlalte fete care au evadat simultan în altă filială datorită prieteniei sale cu un angajat numit Beozzi, care consideră prietenia drept "exploatarea comună și voluntară între două persoane". Aceasta încearcă să se împrietenească cu Catt, deoarece ea este a doua cea mai puternică căpitană după ea însăși, însă este refuzată. Pe parcurs, Beozzi obține rezultate tot mai proaste cu Abnormitatea, lucru care o face pe capul departamentului să îi spună să ia o pauză de la munca cu aceasta și să-i înmâneze cadoul E.G.O. primit. Beozzi se înfurie la primirea acestor ordine, și îi aruncă cadoul E.G.O., care se dovedește de fapt a fii un fals, și fuge în celula Abnormității. Aceasta are o decădere nervoasă, Abnormitatea suferind o decădere similară, însă din cauza faptului că este o Abnormitate, lucrurile degenerează rapid. Beozzi este consumată de către cadoul E.G.O. purtat, transformându-se în Pustnicul din povestea Abnormității care o trădase și a ucis tot ceea ce aceasta iubise, lucru care cauzează Abnormitatea să se transforme într-o creatură monstruoasă pentru a își lua revanșa. În final, după și mai multe pierderi de personal și catastrofe în facilitate, Abnormitatea învinge pustnicul și revine la normal, putând fii încarcerată din nou.

Deoarce Taii și Rose devin tot mai puternice și Catt este la fel de puternică ca deobicei, Shasha le trimite într-un atelier partener. Aici sunt prezentate doua Aberații de nivel Aleph bazate pe Abnormitățile "Nothing There" și "Fairy Festival", numite "Nothing Is" și "Titania". Pe parcursul acestei perioade, povestea cu adevărat importantă, care se întâmplă concomitent cu cea despre cele două Aberații, prezintă dezvoltarea relației dintre Catt, Taii și Rose, care sunt considerate prietene. Catt devine tot mai deschisă cu cele două și vorbește despre interesele și visele ei, stând în aceeași cameră de cămin, până când aceste momente sunt întrerupte de evadarea Aberațiilor. Urmează introducerea unei alte Abnormități care reprezintă două gemene ce rostesc tot felul de lucruri specifice culturii Coreene, acestea trebuiesc mereu ascultate, consecința fiind evadarea acestora; cele 3 stau în aceeași cameră pentru a le asculta, lucru care duce la adâncirea relației acestora.

Urmează introducerea unei noi Abnormități, numită "The Piscine Mermaid" bazată pe povestea originală "Mica Sirenă" scrisă de Hans Christian Anderson, aceasta dorindu-și inima unei persoane, oferind oricărui angajat lucrează cu aceasta un piaptăn. Dacă angajatul acceptă piaptănul, Abnormitatea scapă, ca să o refuze angajatul trebuie să arunce sare în apa în care această se află, cauzându-i durere. Catt este pusă să lucreze cu acestă Abnormitate, lucru care ar trebuii să fie foarte ușor pentru ea și prin care și-ar poate întării concepția că prietenia și iubirea sunt lucruri neimportante, care nu sunt prezente în inima sa, însă, la fel ca și cu cele 2, aceasta cade în capcana Abnormității, punându-și piaptănul în cap ceea ce cauzează Abnormitatea să evadeze, dar, într-o criză de furie, Catt o mutilează complet, mai apoi izolându-se de Taii și Rose, spunându-le să nu se mai aproprie de ea vreodată.

O nouă Abnormitate numită "Staining Rose" ajunge la facilitate, îngrozind capetele departamentelor, deoarece necesită un angajat de nivel mare să muncească cu aceasta, urmărind o rutină extrem de strictă, în final, angajatul fiind ucis de către aceasta. Rose este confruntată cu alegerea grea de a refuza munca cu această Abnormitate, sacrificând-ule atât pe Catt și Taii, cât și pe restul persoanelor din facilitate, pentru a își putea atinge scopul inițial de a reforma Aripile, sau să accepte munca sacrificându-se voluntar pentru a îi salva pe toți ceilalți. Aceasta alege opțiunea din urmă și începe să împartă obiectele importante ei cu Taii, încercând să vorbească și cu Catt, care însă o refuză. Taii devine suspicioasă, așa că, cu ajutorul lui Flower, intră în camera folosită de capetele departamentelor pentru întâlniri, unde vede o Abnormitate eșuată, realizând că Abnormitățile nu sunt obținute într-un mod etic, și găsește intrucțiunile de gestionare pentru "Staining Rose". După ce le citește aceasta începe să fugă panicată să se întâlnească cu Rose. Aceasta dă peste Shasha, care îi dă permisiunea să o vadă pe Rose deși a încălcat regulile companiei. Pe drum o găsește pe Catt, care încearcă să o evite, însă aceasta o plesnește peste față și o trage de braț cu ea. Intrând în celula Abnormității, acestea văd cum Rose își dă ultima suflare.

După moartea lui Rose, Corporația L este desființată, deoarece Angela din filiala principală (cea din joc) și-a atins scopul, îngropând toate filialele corporației și pornind Nopțiile Albe. Taii este fericită, întorcându-se acasă cu un cadou E.G.O. obținut de la Staining Rose, însă, încep Zilele Întunecate, iar aceasta, realizând că nu a văzut-o pe Catt în tot acest timp, pornește spre fosta corporație. În acest timp Catt se roagă din nou Directorului, la fel cum făcuse în trecut, însă nu primește niciun răspuns, dat fapt că concluzia la care ajunsese atunci a venit de la ea însăși, iar, într-un moment de disperare, sparge ușa spre biroul Directorului, unde îi găsește trupul neînsuflețit. Acesta s-a îndrăgostit de "Manual" (inteligență artificială similară lui Angela), însă, în urma unei resetări, entitatea de care acesta s-a îndrăgostit nu mai existase, făcându-l să-și ia viața. În urma observării acestei scene, Catt înnebunește și se distorsionează. Între timp Taii merge prin Mahalale și ajunge în final la filiala O-5681, unde este întâmpinată de ceea ce crede a fii o Abnormitate, care este însă Distorsiunea lui Catt, numită "Party Everlasting". Distorsiunea creează o gaură în podea prin care Taii cade, cauzând mai apoi toate Abnormitățile rămase în facilitate să evadeze. Perspectiva se tot schimbă, prezentând ultimele sforțări pentru supraviețuire ale celor rămași în facilitate, iar la un moment dat, perspectiva fiind pe Finn, Flower și Ella care s-au adăpostit într-o celulă, aceștia observa o persoană cunoscută, Taii, purtând E.G.O.-ul lui "Staining Rose", față în față cu "Party Everlasting", pe care aceasta îi spune pe numele real, Catt. Cele două vorbesc, Taii fiind de acord cu zisele anterioare ale lui Catt, faptul că în această lume trebuie să-ți abandonezi umanitatea pentru a supraviețuii, însă îi spune că nimic pe lumea asta nu ține la nesfârșit, inclusiv așa-zisa ei petrecere. După ce spune acest lucru, Taii manifestează propriul ei E.G.O., suprapus celui de la "Staining Rose", chiar modificându-l, și declară că ea va sfârșii petrecerea ei și o va salva, însă după o lupta aprigă, Catt, revenită pentru puțin timp la normal, se distorsionează din nou și pleacă, alături de toate celălalte Abnormități.

În final, Ella și Finn cauta un Birou numit "Bloom Office". Acest Birou se dovedește a fii înființat de către Taii și Flower în urma evenimentelor de la ruina Corporației L. Acestea sunt inundate de cereri de investigație al Distorsiunilor, însă nu le acceptă atât pentru că nu se consideră calificate pentru acest tip de muncă, cât și pentru că deja există un faimos Detectiv al Distorsiunilor, care să se ocupe de această treabă. Cele două frecventează ruinele fostei filiale în căutarea lui Catt, sperând că o vor putea aduce la normal într-o bună zi.