Jocul începe prin salvare unei persoane amnezice cu cap în formă de ceas de către Vergilius, mai bine cunoscut drept "Scrutarea Roșie", care este informată de către acesta că se numește Dante și că este directorul executiv al Departamentului de Autobuz Limbus Company (LCB). Sub conducerea sa, un grup de 13 angajați, Dante inclusiv, numiți Păcătoși, se află în căutare Crengilor de Aur, surse majore de putere răspândite prin Oraș în ruinele ramurilor Lobotomy Corporation. În timpul călătoriei prin Oraș pe autobuzul Mephistofeles, Dante încearcă să-și redescopere identitatea, în timp ce Păcătoșii sunt nevoiți să se confrunte cu propriul lor trecut.

Primul popas al Păcătoșilor este Districtul 4, în care trebuie să exploreze ruinele unei ramure Lobotomy Corp. Odată înăuntru, Gregor începe să rezoneze cu Creanga de Aur iar Păcătoșii sunt forțați să retrăiască trecutul său și stigmata care ia naștere din poziția sa de ofițer în timpul "Războiului Fumului". Creanga de Aur iasă în final la iveală, însă este furată de către un grup rival condus de presupusa mamă a lui Gregor, Hermann, constituit, de asemenea, din multiple vechi cunoștințe ale Păcătoșilor.

Păcătoșii ajung în Districtul 10, unde o Creangă de Aur este oferită drept premiu într-un cazinou administrat de Corporația J. Păcătoșii se luptă cu Sindicatele locale pentru a ajunge la etajul cazinoului, unde Rodion se reunește, în mod neașteptat, cu vechiul ei tovarăș Sonya, co-fondatorul Iurodivîi-ului (Yurodiviye), un sindicat care plănuiește să eradicheze opresiunea și exploatarea în Oraș. Creanga de Aur rezonează cu Rodion, dezvăluindu-i trecutul ei ca plebea în Mahalale, încercând, în zadar, să cauzeze o schimbare a sistemului prin uciderea unui perceptor local. Această încercare rezultând însă în moartea întregului ei cartier drept revanșa a Degetului din Mijloc, un sindicat major. Păcătoșii părăsesc Districtul 10 cu prima lor Creangă de Aur, iar Sonya este dezvăluit a fii aliat cu Hermann.

Păcătoșii ajung în orașul natal al lui Sinclair, Calw, din Districtul 11 fiind întâmpinați cu faptul că acesta se află sub asediu de către un grup religios, anti-prostetice din Corporația N, cunoscut sub numele de "Nagel und Hammer". Creanga de Aur rezonează cu Sinclair, dezvăluind trecutul său alături de Kromer și Demian, doi foști colegi, precum și faptul că plasarea greșită a încrederii sale în Kromer și descoperirea ramurii abandonate a Corporației L (Lobotomy Corporation) aflată sub casă lui au dus la moartea familiei sale.

Kromer, lidera "Nagel und Hammer" în prezent, confruntă și copleșește Păcătoșii, punând mâna pe Creanga de Aur. De nicăieri, Demian își face apariția, salvându-i pe Dante și Sinclair, și ucigând-o pe Kromer. Membrii LCB-ului sunt recuperați de către echipa de recuperare a Limbus Company și sărbătoresc obținerea celei de a doua lor Creangă de Aur.

După ce au supraviețuit cu greu luptei cu Kromer, Limbus Company își continuă drumul către o altă parte a Districtului 11, unde li se cere să rezolve o Distorsiune care îl implică pe proprietarul unui restaurant de pui. Bărbatul, cunoscut sub numele de „Papa Bongy”, s-a transformat într-un monstru asemănător unui pui și atașează pui cruzi, dar conștienți, pe capetele mai multor persoane. Atrași de promisiunea puiului gratuit pe viață dacă rezolvă situația, Păcătoșii organizează rapid o competiție de gătit între ei, sperând să prepare un preparat cu pui care să-l liniștească pe Papa Bongy.

Păcătoșii intră în birourile K Corp. și se întâlnesc cu Managerul de Filială, Dongrang, un vechi coleg al lui Yi Sang din fosta Ligă a celor Nouă Literatori. Gruparea teroristă „Alianța pentru Eliberarea Tehnologică”, condusă de Dongbaek, un alt membru al Ligii, deturnează clădirea și forțează securitatea K Corp. să lupte împotriva Păcătoșilor. Dongbaek manifestă E.G.O., dar este ucisă de Dongrang, care se dezvăluie a fi trădătorul Ligii, cel care a dus la căderea acesteia.

Pe măsură ce Creanga de Aur rezonează cu Yi Sang, Păcătoșii află despre declinul și dizolvarea Ligii celor Nouă Literatori, crearea Oglinzii de către Yi Sang și Singularitatea Corporației K. Dongrang suferă o Distorsiune, dar în curând își manifestă propriul E.G.O., dorind să-l ucidă pe Yi Sang și să-și distrugă trecutul alături de vechea Ligă. Yi Sang, reușind în cele din urmă să lase trecutul în urmă, își ucide vechiul prieten. Păcătoșilor li se șterg amintirile despre Singularitatea Corporației K și recuperează cea de-a treia Creangă de Aur. Totuși, se dezvăluie că Dante este imun procesului de ștergere a memoriei, păstrând însă acest lucru un secret pentru un scop viitor.

Ultima scenă prezintă reapariția scurtă a lui Demian, care stă de vorbă cu Dante; acele capului de ceas al lui Dante avansând pentru prima oară spre miezul nopții.

Membrii LCB ajung în Mahalale Districtului 21, unde opresc la atelierul Molar Boatworks pentru a modifica autobuzul lor Mephistopheles, făcându-l capabil să navigheze pe Marele Lac al Districtului. Păcătoșii încearcă să se bucure de o vacanță de vară improvizată, dar sunt obligați să adune fier vechi de la crabi de gunoi uriași pentru a ajuta atelierul. Între timp, Ishmael devine din ce în ce mai furioasă pe colegii săi, susținând că aceștia nu sunt pregătiți să înfrunte marea așa cum este ea.

Păcătoșii navighează pe teritoriul Corporației U, o mare uriașă cunoscută ca Marele Lac, năpădit de Balene, Sirene și alți monștrii. Ishmael este concentrată să o găsească pe fosta sa capitană de pe bordul Pequod-ului, Ahab, care și-a condus echipajul spre moarte din cauza obseiei sale de a vână Balena Palidă; pentru a își lua revanșa. Membrii LCB sunt înghițiți de către Balena Palidă, unde, ca printr-o minune, Ahab și restul echipajului au reușit să supraviețuiască.

Ahab și Păcătoșii realizează un pact pentru a ataca inima Balenei Palide, unde se află Creanga de Aur. Trecutul lui Ishmael ca marinar pe Pequod este dezvăluit, iar, în final, Ahab își sacrifică echipajul și manifestă E.G.O., dar este învinsă de Păcătoși. Ishmael lovește pentru o ultimă dată inima Balenei Palide, eliberându-se atât pe ea, cât și pe Ahab de obsesia lor, găsindu-și un nou scop dincolo de răzbunare.

Scenă post-generic prezintă faptul că Ahab a supreviețuit colapsului balenei, distursă psihic, și că a fost recrutată de către Hermann.

Don Quixote îi convinge pe Dante și Heathcliff să intre printr-o ușă din spatele lui Mephistopheles care duce la o fabrică de jucării, sperând să găsească atât niște haine sofisticate pentru Heathcliff, cât și legendara Săgeată „Sacul Roșu” pentru Don. Totuși, Dante descoperă curând că fabrica este situată undeva în Periferii, în afara Orașului, fiind operată exclusiv de gnomi și producând jucării din cadavre umane pentru alți monștrii. Când Don și Heathcliff sunt doborâți și capturați, restul Păcătoșilor se grăbesc să-i salveze și să se întoarcă la autobuz înainte ca portalul să se închidă, dezvăluind totodată că Săgeata „Sacul Roșu” s-ar putea să nu fi existat niciodată.

Păcătoșii ajung în cele din urmă în Districtul 20, dar aleg să treacă prin Mahalale, unde, dintr-o dată, se trezesc în mijlocul unui război între două sindicate: Descendența Tăișului (Blade Lineage) și Clanul Kurokumo. După ce salvează o luptătoare rănită din Descendența Tăișului pe nume Aeng-du, compania le dă o misiune Păcătoșilor să investigheze o Distorsiune în zonă. Aeng-du și Păcătoșii își croiesc drum către vârful unui zgârie-nori, unde descoperă că sursa Distorsiunii este mentorul lui Aeng-du, Bamboo-hatted Kim.

Heathcliff conduce Păcătoșii în conacul Wuthering Heights, parțial din cauza unor rapoarte despre o Creangă de Aur și parțial ca răspuns la invitația lui Cathy, doar pentru a descoperi că participă la înmormântarea acesteia. Păcătoșii sunt rapid atrași într-un conflict între Heathcliff, gașca Iepurilor Morți angajată de Hindley Earnshaw și majordomii conacului. Aventurându-se în subsolul conacului, Păcătoșii descoperă corpul lui Cathy folosit într-un experiment de foști membrii ai Inelarului, conduși de unul dintre foștii colegi ai lui Yi Sang, care lucra cu Hermann.

Liderul Iepurilor Morți își dezvăluie adevărata identitate ca fiind Regele Arinilor, o variantă alternativă a lui Heathcliff. După ce a văzut suferința nerezolvată dintre Heathcliff și Cathy din fiecare Lume a Oglinzilor, Regele Arinilor dorește să omoare toate variantele lui Heathcliff care au existat vreodată. Heathcliff din LCB se distorsionează, copleșit de vinovăție și furie, dar este salvat de către Dante și ceilalți Păcătoși ulterior. Ajutați de Vergilius, care rămâne în subsol pentru a lupta împotriva Vânătorii Sălbatice a Regelui Arinilor (o hoardă aproape nesfârșită de nemorți), Păcătoșii ajung pe acoperiș, unde înfrâng atât Regele Arinilor, cât și o versiune a lui Catherine care a cedat unei nebunii similare. Spiritul lui Cathy se manifestă prin puterile lui Dante și are o ultimă conversație emoționantă cu Heathcliff, după care se șterge din toate lumile alternative pentru a șterge suferința tuturor Heathcliff-ilor, lăsându-i pe Heathcliff și Dante singurii din orice lume care își vor aminti că ea a existat. Nelly, care a devenit trădătoare pentru facțiunea lui Hermann, revendică Creanga de Aur pentru ea, lăsându-i pe Păcătoși cu mâinile goale.

După haosul de la Wuthering Heights, Păcătoșii rămân campați în Cuibul Corporației T, unde sunt notificați de perceptorii corporației de o imensă „Taxă de Timp” acumulată. În timp ce restul Păcătoșilor se află în închisoare, Dante, Hong Lu, Ryōshū și Rodion au sarcina de a urmări Distorsiunea cunoscută sub numele de „Spintecătorul de Timp” – notoriu pentru că poate „ucide” timpul victimelor sale – pentru a anula datoria. În timpul investigației, întâlnesc filiala Districtului 20 a Iurodiivîiului și, ulterior, se confruntă cu Spintecătorul de Timp în vârful unui turn de ceas defect.

Păcătoșii urcă într-un tren WARP către destinația lor, Corporația P, în timp ce elimină o potențială amenințare la bordul trenului. Faust îi dezvăluie lui Dante faptul că accesul ei la Gesellschaft, sursa ei de cunoștințe din alte versiuni ale sale, a fost tăiat. Amenințarea este în cele din urmă dezvăluită ca fiind un Bloodfiend (o specie asemănătoare vampirilor) de a Șasea Viță pe nume Cassetti; cu ambele părți epuizate de luptă, Faust sugerează o negociere pașnică când Don Quixote intervine brusc, doar pentru a fi mușcată de Cassetti. Don Quixote este dezvăluită a fii un Bloodfiend de a Doua Viță, mult mai bătrân și puternic, care îl ucide imediat pe Cassetti pentru „păcatul necredinței filiale” înainte de a cădea în inconștiență. Accesul lui Faust la Gesellschaft este în cele din urmă restabilit, iar Păcătoșii se întorc la trenul WARP prin ușa din spate a lui Mephistopheles.

Păcătoșii ajung în Corporația P pentru a investiga un fenomen numit „La Manchaland”, un parc de distracții care apare intermitent și care a răpit nenumărați cetățeni din Districtul 16, pentru a hranii Bloodfiends-i din interioruul său. Aceștia întâlnesc mai multe grupuri de Săgeți, inclusiv pe sora lui Hong Lu, Jia Xichun, și discută cu Moses și Ezra din *Distortion Detective*, care acum lucrează pentru Limbus Company.

Pe măsură ce La Manchaland apare, Păcătoșii se aventurează rapid prin parc spre centrul acestuia. Sansón, un Bloodfiend enigmatic, îi forțează pe Păcătoși să rejoace numeroasele aventuri din trecut ale lui Don Quixote, culminând cu dezvăluirea identității lui Don Quixote către Păcătoși, drept un Bloodfiend pe nume Sancho. La început, aceasta se întoarce împotriva Păcătoșilor, dorind să-și protejeze stăpânul, Don Quixote, primul Bloodfiend al familiei, dar este convinsă să rămână fidelă idealismului personajului său amnezic și al originalului Don Quixote, reunindu-se LCB-ului sub aliasul său. Ea ajută la eutanasierarea adevăratului Don Quixote, străpuns și slăbit de Creanga de Aur, făcând ca parcul să se dizolve.

Sansón se dovedește a fii unul dintre aliații lui Demian. După o altă scurtă interacțiune între Dante și Demian, ceasul lui Dante avansează spre miezul nopții pentru a doua oară.

În urma unei remarci aparent banale a lui Gregor legate de un zgomot făcut de oasele sale, Păcătoșii sunt trimiși de Faust și Vergilius la un „control de rutină” la sediul Limbuus Company, în departamentul de extracție (LCE). Acolo îl întâlnesc pe Hohenheim, cercetătorul șef, care îi supune la o serie de teste pentru a le evalua evoluția. Testele includ confruntări cu niște Peccatula, iar pe parcurs devine clar că „contractul” cu Dante le limitează potențialul actual, însă le oferă șansa de a deveni fie mai buni, fie mai răi, în funcție de cantitatea Crengilor de Aur colectate.

Situația scapă de sub control în momentul în care Don Quixote, din pricina unui comentariu inocent al lui Yi Sang legat de ce s-ar întâmpla dacă Don Quixote și-ar da pantofii jos acum că își amintește trecutul, a lipsei de date din partea lui Faust și comentarilor agasante ale lui Hohenheim, își dă jos pantofii, Rocinante, ceea ce activează setea de sângec colectivă a Familiei ei, provocând o criză violentă. Vergilius intervine pentru a o opri, iar ulterior Hohenheim prezintă rezultatele testelor — Don Quixote fiind cea mai puternică, iar Yi Sang cel mai slab. Gregor este exclus din clasament, fiind considerat o „excepție”, fapt care îl frustrează, dar este ignorat de ceilalți.

În etapa finală a testului, Hohenheim devine el însuși o Distorsiune, forțând Păcătoșii să exploreze traumele sale personale. Aceștia descoperă că Hohenheim a fost cândva un angajat al Corporației L și singurul supraviețuitor al unei tragedii, simțindu-se vinovat pentru asta. Adevărul este că a fost salvat împotriva voinței sale de fostul său asistent, ceea ce îl lasă marcat. După ce este readus la normal, Păcătoșii se întorc la autobuz, iar enigma inițială — zgomotul oaselor lui Gregor — rămâne nerezolvată.

Rezumat Curând